Macron kết hôn với Brigitte Trogneux, người lớn hơn ông 24 tuổi và là cô giáo cũ của ông tại trường trung học La Providence, Amiens, dạy tiếng Latin và tiếng Pháp[7].[80][81] Hai người gặp nhau lần đầu khi ông còn là một học sinh 15 tuổi trong lớp của bà, nhưng họ chỉ chính thức hẹn hò khi ông được 18 tuổi.[82] Cha mẹ của ông ban đầu cố gắng tách rời hai người bằng cách gửi ông đến Paris để hoàn tất năm cuối cùng của bậc trung học do họ nhận thấy ông còn trẻ và mối quan hệ này không phù hợp[82]. Tuy nhiên, cả hai vẫn ở với nhau sau khi ông tốt nghiệp rồi kết hôn vào năm 2007.

Vợ chồng ông sống cùng với ba người con riêng (cả hai chưa có con chung) từ cuộc hôn nhân trước đây của Trogneux, trong đó một người con gái Tiphaine Auziere, sinh năm 1984 và hiện là một luật sư[7]. Tiphaine hiện có hai người con và thôi làm việc để giúp Macron thành lập đảng Tiến bước! Laurence, người con gái lớn tuổi hơn, bây giờ là bác sĩ về tim, chuyên về các bệnh tim mạch, không những sinh cùng năm với Macron (1977) mà hóm hỉnh thay còn học chung cùng một lớp. Bà có lần kể về một học sinh cùng lớp:"Trong lớp tôi có một anh chàng mà không thể tưởng tượng được. Cái gì hắn cũng biết". Macron, người được nhắc đến, trong khi tập trình diễn kịch vào năm 1993 đã yêu phải cô giáo mà cũng là huấn luyện viên về kịch và là mẹ của Laurence. Laurence tuyên bố, trong tương lai sẽ cổ vũ cho những mục tiêu chính trị của Macron. Còn Sébastien Auzière, người con trai lớn tuổi nhất, lại lớn hơn Macron tới 3 tuổi, là kỹ sư, chuyên viên về thống kê, làm việc về vấn đề nghiên cứu thị trường. Trong thời gian tranh cử của Macron, ông chăm sóc về sự hiện diện của ông ta trong các mạng xã hội.[83]